Em 2008, a SMA teve a sua estrutura reorganizada, conforme decreto estadual. Desde então, além de coordenar a formulação, aprovação, execução, avaliação e atualização da Política Estadual de Meio Ambiente, a secretaria também ficou responsável por analisar e acompanhar as políticas públicas setoriais que tenham impacto ao meio ambiente, bem como articular e coordenar os planos e ações relacionados à área ambiental. Dessa maneira, as questões ambientais deixaram de integrar apenas a pasta de Meio Ambiente, para estarem presentes em diferentes órgãos e esferas públicas do Estado de São Paulo, que trabalham de maneira integrada com a SMA.

A secretaria também é responsável por executar as atividades relacionadas ao licenciamento e à fiscalização ambiental, além de promover ações de educação ambiental, normatização, controle, regularização, proteção, conservação e recuperação dos recursos naturais. Para isto, departamentos, coordenadorias e Fundações atuam vinculadas à SMA para exercer as atividades competentes à pasta.

Para agilizar a gestão ambiental no Estado, em 2007, foram criados 21 Projetos Ambientais Estratégicos, que trabalham agendas ambientais em diferentes áreas, como lixo mínimo, esgoto tratado, qualidade do ar e das águas superficiais e subterrâneas, ecoturismo, educação ambiental, a descentralização da política ambiental em parceria com os municípios paulistas, a redução da queima da palha da cana de açúcar, a recuperação das matas ciliares e o licenciamento ambiental unificado. Para que todos estes projetos atinjam suas metas, a SMA trabalha integrada a outros órgãos do governo do Estado, além de firmar parcerias com prefeituras, setor privado, organizações não-governamentais e instituições de ensino e pesquisa.

A principal função do SIGAM - Sistema Integrado de Gestão Ambiental é registrar, controlar e fornecer informações (operacionais e gerenciais) sobre processos e documentos relacionados às atividades da SMA e seus órgãos vinculados.

• Técnicos: os processos técnicos referem-se eminentemente às atividades de licenciamento, autorização, fiscalização e gestão ambiental atribuídas à SMA e órgãos vinculados. Estes processos são detalhados de modo a permitir a caracterização dos interessados, empreendimentos, atividades e impactos ambientais envolvidos, bem como o registro e anexação de diversos tipos de documentos e informações. Além disso, o SIGAM permite o acompanhamento da movimentação (trâmite) e da situação dos processos, bem como das atividades relacionadas à análises técnicas. A emissão de documentos decorrentes dos processos técnicos também é automatizada através do SIGAM, sendo possível a emissão de boletos de cobrança, pareceres técnicos, notificações, termos, autorizações e licenças ambientais de diversas naturezas, de acordo com as atribuições da Secretaria e órgãos vinculados.
   
• Administrativos: os processos administrativos referem-se eminentemente às atividades de apoio para a Secretaria e órgãos vinculados, como compras, recursos humanos, pagamentos etc. Estes processos são detalhados de modo a permitir a caracterização dos interessados, assunto e acompanhamento de movimentação (tramitação) e situação.