No Microbacias II a Secretaria do Meio Ambiente utilizará o pagamento por serviços ambientais como uma forma de aumentar a renda dos pequenos produtores rurais em áreas de baixo potencial agropecuário e alto potencial de prestação de serviços ambientais, ou seja, naquelas em que a conservação ou a recuperação da vegetação é a maior vocação das terras. Assim, será oferecida aos proprietários destas áreas uma compensação financeira por este fornecerem a toda sociedade uma água de melhor qualidade, uma flora e fauna mais rica, e auxiliar no combate às mudanças climáticas.

No Brasil e em vários países do mundo já existem diversas iniciativas de PSA. Em São Paulo, o Projeto Mina D’Água, desenvolvido em parceria do Governo Estadual com 21 Municípios, incentiva a proteção de nascentes em mananciais de abastecimento público.

A Secretaria do Meio Ambiente está numa fase de planejamento de novos projetos de PSA, projetando viabilizar os primeiros pagamentos com recursos do Microbacias II em 2012.